Manga Magi Craft Meister yang dibuat oleh komikus bernama Akigitsune ini bercerita tentang Hanya ada satu Magi Craft Meister di dunia. Setelah kematian Meister terakhir lebih dari seribu tahun yang lalu, Jin Nidou dipindahkan ke dunia lain untuk meneruskan keinginannya.Setelah memperoleh pengetahuan dari Magi Craft Meister, Jin mencoba menggunakan gerbang warp tetapi gagal berfungsi, membawanya ke tempat yang tidak diketahui. Bersamaan dengan itu, automata yang baru saja dia pulihkan juga menggunakan gerbang warp untuk mencari "ayahnya". Dengan demikian, perjalanan kerajinan Magi Craft Meister baru dimulai!